KPSS’de çıkan soruların sızdırıldığına yönelik iddiaların ardından görevden alınan Aygün, ÖSYM Başkanlığı’na atanmadan önce Kocaeli Üniversitesi (KOÜ) Fen Edebiyat Fakültesi Dekanlığı görevini yürütüyordu.
Başka bir üniversitede görev yapan kardeşi, Aygün’ün dekanlık yaptığı fakülteye, doçent olarak atandı. Fen Edebiyat Fakültesi’nin doçentlik ilanına başvuran Ahmet Aygün, sınavlardan sonra rektörlük onayıyla doçent olarak göreve başladı. 2018 yılında bu atama, özellikle Kocaeli’de “KOÜ’de kardeş kıyağı” olarak yorumlandı ve tartışıldı.
Aygün’ün Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi mezunu olan kardeşi Doç. Dr. Ahmet Aygün’ün Ankara Üniversitesi’nde yüksek lisans ve doktorasını tamamladığı, uzmanlık tezlerinin bitkilerde gen transferi, embriyo oluşumu ve bitkiye dönüşümü konularında olduğu bildirildi. Ziraat mezunu olan Aygün, biyoloji bölümünde göreve başladı.
Aynı üniversite ve bölümde çok sayıda hocanın kadro beklemesine rağmen yapılan atama üniversite çevrelerinde tepki çekti. Aygün, bu iddialarla ilgili tartışmalar sürerken ÖSYM Başkanlığı’na atandı.